さくらインターネットでマルチドメインの運用をされる方は要注意です。
スタンダードプランだとメールアドレスを独自ドメイン毎に作ることができません！
どういうことかというと、「@hogehoge.com」と、「@gonegone.net」という独自ドメインを２つ運用しているとします。そこで頭に同じアカウント名（例：info）がついてしまうと、info@hogehoge.comとinfo@gonegone.net両方のメールフォルダに同じメールが届いてしまうんですね。
目次
回避策は２つある
１）アカウント名を分ける
これから新規でサイトや事業を立ち上げる方は、アカウント名を分けることで回避することができます。
しかし、複数のドメインをさくらサーバーにまとめようとするときには必ず事前に重複チェックをしてください。
２）ビジネスプランにランクアップさせる
ビジネスプラン以上になると、独自ドメイン毎にメールアドレスを設定することが可能ですので、どうしてもスタンダードで難しい場合はクライアントに相談してランクアップしてもらいましょう。
費用がかなり変わってくるので大変かもしれません。。
思ったこと
私はメインではロリポップを使っていて、かつ今までのお客様でもさくらサーバーでマルチドメインの運用の際につまづいた方がいらっしゃらなかったので、今更ぶつかってしまいました・・・。
ロリポップならマルチドメインでも独自ドメイン毎にメールアドレスを作ることができるため、ユーザー名（＠以前）が重複していても何ら問題ありませんでした。
これからサーバーをレンタルされる方はロリポップ!、もしくはワードプレスのサポートが充実しているエックスサーバーをおすすめしておきます。